Los portainjertos de semilla en aguacate se producen a partir de la germinación de huesos, por lo que cada planta es genéticamente diferente. Esto genera mayor variabilidad en vigor, resistencia y comportamiento en campo. Aunque suelen ser más económicos y desarrollan un sistema radicular fuerte y profundo, ofrecen menor uniformidad en la plantación. Se utilizan principalmente en plantaciones tradicionales o cuando se busca mayor rusticidad y adaptación a condiciones locales.

Los portainjertos de semilla en mango se obtienen mediante la germinación de semillas, lo que da lugar a plantas genéticamente distintas entre sí. Esta variabilidad se traduce en diferencias de vigor, tolerancia y desarrollo en campo. A pesar de su menor coste y su buen desarrollo radicular, presentan menor homogeneidad en la plantación. Son habituales en cultivos extensivos o en situaciones donde se prioriza la adaptación natural al entorno.

Los portainjertos clonales se obtienen mediante multiplicación vegetativa (esquejes, acodos o cultivo in vitro), lo que garantiza que todas las plantas sean genéticamente idénticas. Esto permite una gran uniformidad en el cultivo, tanto en vigor como en producción y resistencia a enfermedades o condiciones del suelo. Son muy utilizados en fruticultura moderna porque ofrecen mayor control sobre el tamaño del árbol, la entrada en producción y la adaptación a terrenos específicos.